Thông tư 89/2026/TT-BTC: Những điểm mới quan trọng về quản lý thuế và kê khai GTGT

Thông tư 89/2026/TT-BTC là văn bản quan trọng về quản lý thuế được Bộ Tài chính ban hành ngày 30/6/2026 và có hiệu lực từ ngày 01/7/2026.

Thông tư hướng dẫn một số nội dung của Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15 và Nghị định 252/2026/NĐ-CP. Đối với doanh nghiệp, kế toán và người nộp thuế, các nội dung đáng chú ý tập trung vào khai thuế, kỳ khai thuế, khai bổ sung, hoàn thuế, giao dịch điện tử, quản lý rủi ro và hệ thống biểu mẫu thuế mới.

Đặc biệt, từ kỳ tính thuế thuộc phạm vi áp dụng của quy định mới, doanh nghiệp cần cập nhật mẫu 01/GTGT và rà soát lại quy trình kê khai thuế GTGT.

1. Thông tư 89/2026/TT-BTC là gì?

Ngày 30/6/2026, Bộ trưởng Bộ Tài chính ban hành Thông tư 89/2026/TT-BTC quy định chi tiết một số điều của Luật Quản lý thuế và Nghị định 252/2026/NĐ-CP.

Thông tư có hiệu lực từ ngày 01/7/2026 và là một trong những văn bản quan trọng trong hệ thống quản lý thuế mới.

Doanh nghiệp có thể xem toàn văn văn bản tại Thông tư 89/2026/TT-BTC trên Cổng Thông tin điện tử Chính phủ.

Thông tư 89 tập trung vào quản lý thuế. Vì vậy, cần phân biệt Thông tư 89 với các văn bản quy định trực tiếp về chính sách thuế GTGT.

Khi xác định thuế suất, đối tượng chịu thuế, điều kiện khấu trừ hoặc điều kiện hoàn thuế GTGT, doanh nghiệp vẫn phải căn cứ vào Luật Thuế GTGT và các văn bản hướng dẫn thuế GTGT đang có hiệu lực.

2. Thông tư 89/2026/TT-BTC có hiệu lực khi nào?

Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15 cũng có hiệu lực từ ngày 01/7/2026. Xem Luật Quản lý thuế 108/2025/QH15.

3. Thông tư 89/2026/TT-BTC thay thế Thông tư nào?

3.1. Thông tư 80/2021/TT-BTC được thay thế

Một trong những thay đổi quan trọng nhất đối với kế toán là việc Thông tư 80/2021/TT-BTC được bãi bỏ trong hệ thống văn bản quản lý thuế từ khi Thông tư 89 có hiệu lực.

Các văn bản sửa đổi, bổ sung Thông tư 80 trước đây cũng được xử lý theo quy định của Thông tư 89.

Do đó, từ ngày 01/7/2026, doanh nghiệp không nên tiếp tục sử dụng Thông tư 80/2021/TT-BTC làm căn cứ chính cho các thủ tục quản lý thuế mới thuộc phạm vi điều chỉnh của Thông tư 89.

3.2. Không nên hiểu Thông tư 89 là văn bản thay thế toàn bộ luật thuế

Đây là điểm cần phân biệt rõ.

Thông tư 89/2026/TT-BTC là văn bản về quản lý thuế, không phải văn bản thay thế toàn bộ các quy định về chính sách thuế GTGT.

Doanh nghiệp vẫn phải kết hợp các văn bản về:

• Thuế GTGT;
• Thuế TNDN;
• Thuế TNCN;
• Hóa đơn điện tử;
• Quản lý thuế;
• Các văn bản hướng dẫn chuyên ngành liên quan.

4. Thông tư 89/2026/TT-BTC gồm những nội dung nào?

Thông tư 89 gồm 10 chương và 101 điều, tập trung vào các nhóm nội dung lớn sau:

5. Những điểm mới quan trọng của Thông tư 89/2026/TT-BTC

5.1. Tăng cường giao dịch thuế điện tử

Thông tư 89 tiếp tục hoàn thiện quy định về giao dịch điện tử trong quản lý thuế.

Các nội dung doanh nghiệp cần quan tâm gồm:

• Đăng ký giao dịch thuế điện tử;
• Gửi và nhận hồ sơ thuế điện tử;
• Thông báo điện tử;
• Chứng từ điện tử;
• Trao đổi dữ liệu với cơ quan thuế;
• Xử lý hồ sơ và thông tin trên hệ thống điện tử.

Kế toán nên thường xuyên kiểm tra tài khoản giao dịch thuế điện tử để không bỏ sót thông báo hoặc yêu cầu xử lý từ cơ quan thuế.

5.2. Tăng cường quản lý thuế theo mức độ rủi ro

Thông tư 89 có các quy định phục vụ việc phân nhóm người nộp thuế và quản lý dựa trên mức độ tuân thủ, rủi ro.

Doanh nghiệp cần chú trọng kiểm soát:

• Doanh thu;
• Hóa đơn đầu vào và đầu ra;
• Thuế GTGT;
• Thuế TNDN;
• Thuế TNCN;
• Số liệu trên sổ kế toán;
• Số liệu trên hồ sơ khai thuế.

Việc đối chiếu dữ liệu trước khi nộp tờ khai sẽ giúp doanh nghiệp hạn chế sai lệch và giảm rủi ro khi cơ quan thuế kiểm tra.

6. Điểm mới về kê khai thuế GTGT theo Thông tư 89/2026/TT-BTC

Đối với kế toán doanh nghiệp, kê khai thuế GTGT là một trong những nội dung cần ưu tiên cập nhật.

Thông tư 89 quy định về hồ sơ khai thuế GTGT, kỳ khai thuế, trường hợp khai riêng, khai theo từng lần phát sinh và một số trường hợp đặc thù.

6.1. Kỳ khai thuế GTGT tháng hoặc quý

Doanh nghiệp cần xác định đúng việc khai thuế GTGT theo tháng hoặc quý theo quy định hiện hành.

Đối với doanh nghiệp thuộc diện được lựa chọn khai theo quý, kế toán cần kiểm tra điều kiện và thực hiện lựa chọn kỳ khai thuế phù hợp.

Lưu ý: Không nên hiểu đơn giản rằng doanh nghiệp có doanh thu dưới một mức nhất định thì luôn bắt buộc khai quý. Cần xác định đầy đủ điều kiện áp dụng trước khi lựa chọn kỳ khai thuế.

6.2. Doanh nghiệp mới thành lập

Doanh nghiệp mới thành lập cần xác định đúng kỳ khai thuế trong năm đầu hoạt động và các năm tiếp theo theo quy định về kỳ khai thuế và doanh thu.

Kế toán cần theo dõi doanh thu để xác định kỳ khai thuế phù hợp, tránh trường hợp đang khai quý nhưng sau đó phát hiện không đủ điều kiện.

6.3. Trường hợp đang khai quý nhưng không đủ điều kiện

Nếu doanh nghiệp đang khai thuế theo quý nhưng phát hiện không đáp ứng điều kiện khai quý, doanh nghiệp phải thực hiện chuyển sang khai theo tháng và xử lý hồ sơ khai thuế của các kỳ liên quan theo quy định.

Trong trường hợp phát sinh nghĩa vụ tiền chậm nộp, doanh nghiệp cần xác định và thực hiện đầy đủ nghĩa vụ theo quy định.

6.4. Khai thuế GTGT theo từng lần phát sinh

Thông tư 89 hướng dẫn một số trường hợp thực hiện khai thuế theo từng lần phát sinh, trong đó có trường hợp người nộp thuế đề nghị cơ quan thuế cấp hóa đơn điện tử theo từng lần phát sinh.

Đối với các trường hợp đặc thù, doanh nghiệp cần xác định đúng phương thức khai thuế trước khi lập hồ sơ.

7. Mẫu 01/GTGT theo Thông tư 89/2026/TT-BTC có gì mới?

Mẫu 01/GTGT là tờ khai thuế giá trị gia tăng áp dụng đối với người nộp thuế tính thuế theo phương pháp khấu trừ có hoạt động sản xuất, kinh doanh.

Mẫu tờ khai mới được ban hành tại Phụ lục I của Thông tư 89/2026/TT-BTC. Xem hướng dẫn mẫu 01/GTGT theo Thông tư 89.

7.1. Bổ sung chỉ tiêu [32b]

Chỉ tiêu [32b] được sử dụng để phản ánh hàng hóa, dịch vụ bán ra thuộc trường hợp không tính vào giá tính thuế GTGT theo quy định.

7.2. Bổ sung chỉ tiêu [34a]

Chỉ tiêu [34a] phản ánh hàng hóa, dịch vụ bán ra không thuộc phạm vi điều chỉnh của pháp luật thuế GTGT.

Việc bổ sung các chỉ tiêu này giúp phân loại rõ hơn doanh thu trên tờ khai thuế GTGT.

7.3. Điều chỉnh một số chỉ tiêu trên tờ khai

Mẫu 01/GTGT mới có sự điều chỉnh tại một số chỉ tiêu và công thức tính toán.

Kế toán cần sử dụng đúng phiên bản mẫu trên hệ thống kê khai thuế thay vì tự sử dụng lại file tờ khai cũ.

8. Hóa đơn điều chỉnh, hóa đơn thay thế và kê khai GTGT

Đây là nội dung kế toán cần đặc biệt lưu ý khi áp dụng mẫu 01/GTGT mới.

Không phải mọi trường hợp nhận hóa đơn điều chỉnh hoặc hóa đơn thay thế đều xử lý giống nhau.

Đối với một số trường hợp thuộc quy định mới, người mua thực hiện kê khai phần điều chỉnh vào chỉ tiêu [37] hoặc [38] của kỳ nhận hóa đơn điều chỉnh, hóa đơn thay thế thay vì khai bổ sung hồ sơ của kỳ trước.

Vì vậy, khi nhận hóa đơn điều chỉnh hoặc thay thế, kế toán cần kiểm tra:

• Lý do điều chỉnh hoặc thay thế;
• Thời điểm nhận hóa đơn;
• Nội dung sai sót;
• Quy định áp dụng cho trường hợp cụ thể;
• Cách xử lý trên tờ khai GTGT.

Không nên áp dụng máy móc một phương pháp cho tất cả các trường hợp.

9. Hoàn thuế GTGT theo Thông tư 89/2026/TT-BTC

Thông tư 89 quy định thủ tục hoàn thuế tại Chương V.

Doanh nghiệp cần quan tâm đến:

• Hồ sơ đề nghị hoàn thuế;
• Tiếp nhận hồ sơ;
• Kiểm tra hồ sơ;
• Giải quyết hoàn thuế;
• Hoàn thuế điện tử;
• Hồ sơ và biểu mẫu liên quan.

9.1. Mẫu thông tin đề nghị hoàn thuế GTGT

Đối với trường hợp đề nghị hoàn thuế GTGT, doanh nghiệp cần cập nhật hệ thống biểu mẫu mới, trong đó có Mẫu 01-8/GTGT về thông tin đề nghị hoàn thuế GTGT.

Doanh nghiệp xuất khẩu, doanh nghiệp có dự án đầu tư hoặc doanh nghiệp thường xuyên phát sinh số thuế GTGT đầu vào lớn cần đặc biệt lưu ý nội dung này.

10. Dự án đầu tư có phát sinh doanh thu

Thông tư 89 có hướng dẫn đối với trường hợp dự án đầu tư đang trong giai đoạn đầu tư nhưng phát sinh một số khoản doanh thu.

10.1. Một số khoản doanh thu cần lưu ý

• Doanh thu chạy thử;
• Doanh thu hoạt động tài chính;
• Doanh thu thanh lý nguyên vật liệu.

Trong trường hợp này, doanh nghiệp cần kê khai doanh thu theo hướng dẫn và xử lý số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư theo đúng quy định.

11. Kê khai thuế GTGT đối với hoạt động đại lý

Doanh nghiệp có hoạt động đại lý cần xác định đúng bản chất giao dịch và trách nhiệm kê khai thuế của từng bên.

Đối với hoạt động đại lý theo hình thức bán, mua đúng giá hưởng hoa hồng, người nộp thuế thực hiện kê khai thuế GTGT đối với doanh thu hoa hồng đại lý được hưởng theo quy định.

Các mô hình đại lý khác cần được kiểm tra theo hợp đồng và quy định thuế áp dụng cho từng trường hợp.

12. Quy định chuyển tiếp khi áp dụng Thông tư 89

Một điểm rất quan trọng là cần phân biệt kỳ tính thuế với ngày nộp hồ sơ.

12.1. Kỳ tính thuế trước ngày 01/7/2026

Đối với kỳ tính thuế thuộc thời gian trước ngày 01/7/2026, doanh nghiệp thực hiện theo quy định và biểu mẫu áp dụng đối với kỳ tính thuế đó theo quy định chuyển tiếp.

Ví dụ, hồ sơ thuế GTGT của quý II/2026 vẫn thực hiện theo mẫu áp dụng cho kỳ tính thuế quý II/2026.

12.2. Kỳ tính thuế từ ngày 01/7/2026

Đối với kỳ tính thuế thuộc phạm vi áp dụng của Thông tư 89, doanh nghiệp sử dụng hệ thống biểu mẫu mới theo quy định.

Ví dụ, khi thực hiện kê khai thuế GTGT cho quý III/2026, doanh nghiệp sử dụng mẫu 01/GTGT theo Thông tư 89/2026/TT-BTC.

13. Thông tư 89 có thay đổi thuế suất GTGT không?

Không nên hiểu Thông tư 89 là văn bản thay đổi toàn bộ chính sách thuế GTGT.

Thông tư 89 chủ yếu quy định về quản lý thuế, hồ sơ khai thuế, biểu mẫu, hoàn thuế, giao dịch điện tử và các thủ tục quản lý thuế.

Các vấn đề như:

• Đối tượng chịu thuế GTGT;
• Đối tượng không chịu thuế GTGT;
• Thuế suất GTGT;
• Điều kiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào;
• Điều kiện hoàn thuế GTGT;
• Giá tính thuế GTGT;

phải được xác định theo Luật Thuế GTGT và các văn bản hướng dẫn thuế GTGT đang có hiệu lực.

14. Doanh nghiệp cần làm gì khi áp dụng Thông tư 89?

14.1. Cập nhật phần mềm kê khai thuế

Doanh nghiệp cần kiểm tra hệ thống HTKK, eTax và phần mềm kế toán đã được cập nhật biểu mẫu theo quy định mới hay chưa.

14.2. Rà soát kỳ khai thuế

Kế toán cần xác định doanh nghiệp đang khai thuế GTGT theo tháng hay quý và kiểm tra điều kiện áp dụng.

14.3. Cập nhật mẫu 01/GTGT

Đặc biệt kiểm tra các chỉ tiêu mới và các chỉ tiêu được sửa đổi trên tờ khai.

14.4. Kiểm soát hóa đơn điện tử

Doanh nghiệp nên thường xuyên đối chiếu:

Hóa đơn điện tử → Sổ kế toán → Phần mềm kế toán → Tờ khai thuế.

Việc đối chiếu giúp hạn chế sai lệch về doanh thu, thuế GTGT đầu ra, thuế GTGT đầu vào và số thuế còn được khấu trừ.

14.5. Rà soát quy trình khai bổ sung

Khi phát hiện sai sót, kế toán cần xác định đúng bản chất sai sót trước khi lựa chọn khai bổ sung hoặc điều chỉnh trên tờ khai của kỳ hiện tại theo trường hợp pháp luật cho phép.

15. Thông tư 89/2026/TT-BTC ảnh hưởng thế nào đến doanh nghiệp?

16. Dịch vụ kế toán và báo cáo thuế tại Khải Minh

Việc cập nhật chính sách thuế thường xuyên là yêu cầu quan trọng đối với doanh nghiệp, đặc biệt khi hệ thống quản lý thuế và biểu mẫu kê khai có thay đổi.

Nếu doanh nghiệp cần hỗ trợ kê khai thuế GTGT, TNCN, TNDN, lập báo cáo tài chính hoặc rà soát sổ sách, có thể tham khảo Dịch vụ kế toán và báo cáo thuế tại Khải Minh.

Khải Minh hỗ trợ doanh nghiệp trong các công việc:

• Kê khai và báo cáo thuế;
• Lập sổ sách kế toán;
• Lập báo cáo tài chính;
• Rà soát hóa đơn và chứng từ;
• Tư vấn xử lý sai sót thuế;
• Hỗ trợ giải trình với cơ quan thuế.

Doanh nghiệp mới thành lập có thể tham khảo thêm dịch vụ thành lập công ty trọn gói để được hỗ trợ từ hồ sơ thành lập đến các thủ tục kế toán, thuế ban đầu.

Đối với nhu cầu sử dụng hóa đơn điện tử và chữ ký số, doanh nghiệp có thể xem thêm dịch vụ chữ ký số, hóa đơn điện tử và phần mềm kế toán.

17. Câu hỏi thường gặp về Thông tư 89/2026/TT-BTC

Thông tư 89/2026/TT-BTC có hiệu lực từ ngày nào?

Thông tư 89/2026/TT-BTC được ban hành ngày 30/6/2026 và có hiệu lực từ ngày 01/7/2026.

Thông tư 89 có thay thế Thông tư 80/2021/TT-BTC không?

Có. Thông tư 89/2026/TT-BTC thay thế hệ thống hướng dẫn quản lý thuế trước đây, trong đó có Thông tư 80/2021/TT-BTC.

Mẫu 01/GTGT mới áp dụng từ khi nào?

Mẫu 01/GTGT theo Thông tư 89 được áp dụng đối với kỳ tính thuế thuộc phạm vi áp dụng của Thông tư 89. Doanh nghiệp cần căn cứ quy định chuyển tiếp để xác định đúng mẫu cho từng kỳ khai thuế.

Thông tư 89 có thay đổi thuế suất GTGT không?

Không. Thông tư 89 là văn bản về quản lý thuế. Thuế suất và các chính sách thuế GTGT phải được xác định theo Luật Thuế GTGT và các văn bản hướng dẫn có liên quan.

18. Kết luận

Thông tư 89/2026/TT-BTC có hiệu lực từ ngày 01/7/2026 và đánh dấu bước chuyển sang hệ thống hướng dẫn quản lý thuế mới.

Đối với doanh nghiệp, các nội dung cần ưu tiên cập nhật gồm kê khai thuế GTGT, kỳ khai thuế tháng/quý, khai bổ sung, mẫu 01/GTGT, hoàn thuế, giao dịch thuế điện tử và kiểm soát dữ liệu thuế.

Doanh nghiệp cũng cần lưu ý rằng Thông tư 89 là văn bản về quản lý thuế, không phải văn bản thay thế toàn bộ chính sách thuế GTGT. Khi xác định thuế suất, điều kiện khấu trừ hoặc các chính sách GTGT khác, cần kiểm tra Luật Thuế GTGT và văn bản hướng dẫn hiện hành.

19. Căn cứ pháp lý

• Thông tư 89/2026/TT-BTC – Cổng Thông tin điện tử Chính phủ
• Nghị định 252/2026/NĐ-CP – Cổng Thông tin điện tử Chính phủ
• Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15 – Cổng Thông tin điện tử Chính phủ
• Hướng dẫn mẫu 01/GTGT theo Thông tư 89/2026/TT-BTC